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0	S0004-06142005000500011-1	[ { "id": "S0004-06142005000500011-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente de 70 años de edad, minero jubilado, sin alergias medicamentosas conocidas, que presenta como antecedentes personales: accidente laboral antiguo con fracturas vertebrales y costales; intervenido de enfermedad de Dup...	[ { "id": "S0004-06142005000500011-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "triglicéridos" ], "offsets": [ [ 907, 920 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142005000500011-1_T2", "type": "UNCLEAR", "text": [ "cigarrillos" ],...	[]	[]	[]
1	S0004-06142005000700014-1	[ { "id": "S0004-06142005000700014-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Describimos el caso de un varón de 37 años con vida previa activa que refiere dolores osteoarticulares de localización variable en el último mes y fiebre en la última semana con picos (matutino y vespertino) de 40 C las últi...	[ { "id": "S0004-06142005000700014-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "Rosa de Bengala" ], "offsets": [ [ 2058, 2073 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142005000700014-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "Estreptom...	[]	[]	[]
2	S0004-06142005000900013-1	[ { "id": "S0004-06142005000900013-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Se trata de una mujer de 29 años sometida a un estudio ecográfico pélvico de control tras una ligadura de trompas por vía laparoscópica. Durante el mismo se detectó una tumoración de 20 mm en la cara lateral derecha de la ve...	[ { "id": "S0004-06142005000900013-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "actina" ], "offsets": [ [ 1477, 1483 ] ], "normalized": [] } ]	[]	[]	[]
3	S0004-06142005000900014-1	[ { "id": "S0004-06142005000900014-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de diecisiete años sin antecedentes de interés que acude por polaquiuria, escozor miccional, tenesmo y hematuria autolimitada.\nEn la analítica de orina se aprecian 30-50 hematíes por campo. Urocultivo negativo.\nSe pr...	[ { "id": "S0004-06142005000900014-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "A.I.N.E." ], "offsets": [ [ 605, 613 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142005000900014-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "actina" ], "of...	[]	[]	[]
4	S0004-06142005000900015-1	[ { "id": "S0004-06142005000900015-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 36 años, sin antecedentes de interés, que fue estudiado en la consulta de medicina interna por presentar masa inguinoescrotal izquierda dolorosa a la palpación de dos meses de evolución, sin pérdida de peso ni síndr...	[ { "id": "S0004-06142005000900015-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "adriamicina" ], "offsets": [ [ 1094, 1105 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142005000900015-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "MESNA" ],...	[]	[]	[]
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6	S0004-06142005001000011-1	[ { "id": "S0004-06142005001000011-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 58 años de edad en el momento del trasplante, el 5 de octubre de 1998.\nEn programa de diálisis peritoneal desde enero del mismo año por IRC progresiva secundaria a glomerulonefritis tipo IgA con esclerosis focal y ...	[ { "id": "S0004-06142005001000011-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "6-Metil-Prednisolona" ], "offsets": [ [ 2246, 2266 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142005001000011-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "cicl...	[]	[]	[]
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13	S0004-06142006000200013-1	[ { "id": "S0004-06142006000200013-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente de 46 años histerectomizada por leiomiomas que acude a Urgencias por intenso dolor en fosa renal izquierda, malestar general y episodios repetidos de hematuria. Varios estudios citológicos de orina fueron negativos ...	[ { "id": "S0004-06142006000200013-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "receptores de progesterona" ], "offsets": [ [ 1231, 1257 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142006000200013-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "recept...	[]	[]	[]
14	S0004-06142006000200014-1	[ { "id": "S0004-06142006000200014-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 36 años, sin antecedentes personales de interés, que en ecografía realizada por dolor tipo cólico sobre fosa renal derecha, se informó como una masa intrarrenal de 8 - 10 cm con material ecogénico en su interior, si...	[ { "id": "S0004-06142006000200014-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "Tc99m-MDP" ], "offsets": [ [ 610, 619 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142006000200014-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "Proteina S-100" ]...	[]	[]	[]
15	S0004-06142006000500002-4	[ { "id": "S0004-06142006000500002-4__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente de 90 años que acude a su Urólogo de zona por aumento progresivo de hemiescroto izquierdo, de aproximadamente 2-3 años de evolución, y posible interferencia sobre patrón miccional.\nEl único antecedente personal a r...	[ { "id": "S0004-06142006000500002-4_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "AE3" ], "offsets": [ [ 1570, 1573 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142006000500002-4_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "AEI" ], "offsets": [ ...	[]	[]	[]
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19	S0004-06142006000700008-1	[ { "id": "S0004-06142006000700008-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Se presenta el caso de un paciente de 76 años de edad, sin alergias conocidas, con antecedentes de dislipemia, hipertensión arterial, infarto agudo de miocardio antiguo, triple derivación aorto-coronaria por enfermedad de lo...	[ { "id": "S0004-06142006000700008-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "Alfa-feto proteína" ], "offsets": [ [ 1224, 1242 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142006000700008-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "alfa-feto prot...	[]	[]	[]
20	S0004-06142006000700011-1	[ { "id": "S0004-06142006000700011-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Presentamos el caso de un varón de 61 años diagnosticado, intervenido y tratado por un adenocarcinoma rectal desde 18 meses antes. Consultó por aumento del tamaño peneano, doloroso, junto a la aparición de unas lesiones erit...	[]	[]	[]	[]
21	S0004-06142006000900006-1	[ { "id": "S0004-06142006000900006-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Se presenta un caso con patología litiásica compleja en el que se utilizó el 'stone sweeper' como derivación urinaria interna de forma bilateral.\nSe trata de un paciente varón de 54 años con 3 litiasis renales derechas, la ...	[]	[]	[]	[]
22	S0004-06142006000900009-1	[ { "id": "S0004-06142006000900009-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente de 26 años que es remitido desde las consultas externas del servicio de digestivo para valorar unas lesiones que han aparecido recientemente en la piel prepucial.\nComo antecedentes familiares refiere enfermedad de ...	[ { "id": "S0004-06142006000900009-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "corticoides" ], "offsets": [ [ 454, 465 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142006000900009-1_T3", "type": "PROTEINAS", "text": [ "tromboplastina" ...	[]	[]	[]
23	S0004-06142006000900013-1	[ { "id": "S0004-06142006000900013-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Se trata de una paciente de 73 años de edad que acude a consulta ginecológica por metrorragia. A la exploración no se observa patología ginecológica y es derivada al servicio de urología para estudio. La paciente tiene antec...	[]	[]	[]	[]
24	S0004-06142006000900015-1	[ { "id": "S0004-06142006000900015-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 47 años, sin antecedentes de interés, que es diagnosticado ecográficamente de masa renal derecha de forma accidental durante un estudio rutinario por dolor abdominal. La TAC abdomino-pélvica confirmó la presencia de...	[ { "id": "S0004-06142006000900015-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "Interferón" ], "offsets": [ [ 1669, 1679 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142006000900015-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "Intrón A" ], "...	[]	[]	[]
25	S0004-06142007000100011-1	[ { "id": "S0004-06142007000100011-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente masculino negro de 39 años de edad con antecedentes de lesiones aftosas orales recurrentes y trastornos en la visión (pérdida progresiva), que acude por presentar lesiones ulcerosas en región genital (pene y escroto...	[ { "id": "S0004-06142007000100011-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "suero fisiológico" ], "offsets": [ [ 1032, 1049 ] ], "normalized": [] } ]	[]	[]	[]
26	S0004-06142007000100012-1	[ { "id": "S0004-06142007000100012-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Lactante, de raza caucasiana, la primera hija de padres jóvenes (madre de 28 años y padre de 30 años) sanos y no consanguíneos, sin historia de patología heredo-familiar, renal ni hipertensión conocida. Gestación correctamen...	[ { "id": "S0004-06142007000100012-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "gentamicina" ], "offsets": [ [ 1094, 1105 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142007000100012-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "cefotaxima" ...	[]	[]	[]
27	S0004-06142007000200017-1	[ { "id": "S0004-06142007000200017-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente varón de 29 años. Es remitido a nuestro servicio para completar estudio porque, tras cuadro de aparición de tumoración indolora en su testículo izquierdo de un mes de evolución, se le detecta en la ecografía un test...	[ { "id": "S0004-06142007000200017-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "carboplatino" ], "offsets": [ [ 2443, 2455 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142007000200017-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "beta-hCG" ],...	[]	[]	[]
28	S0004-06142007000500017-1	[ { "id": "S0004-06142007000500017-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente varón de 67 años, sin antecedentes de interés, que acude a consulta de urología por primera vez, derivado por su médico de atención primaria, por síntomas de prostatismo. En el examen físico se encuentra una próstat...	[ { "id": "S0004-06142007000500017-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "PSA" ], "offsets": [ [ 509, 512 ] ], "normalized": [] } ]	[]	[]	[]
29	S0004-06142007000600014-1	[ { "id": "S0004-06142007000600014-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Se trata de un paciente de 28 años de edad, sin antecedentes de interés, que acude a consulta de urología por nódulo testicular que ha detectado hace tres meses y que según cuenta no ha aumentado de tamaño. A la exploración ...	[ { "id": "S0004-06142007000600014-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "actina" ], "offsets": [ [ 1827, 1833 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142007000600014-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "vimentina" ], "off...	[]	[]	[]
30	S0004-06142007000600016-2	[ { "id": "S0004-06142007000600016-2__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente varón de 35 años con tumoración en polo superior de teste derecho hallada de manera casual durante una autoexploración, motivo por el cual acude a consulta de urología donde se realiza exploración física, apreciando...	[]	[]	[]	[]
31	S0004-06142007000700013-1	[ { "id": "S0004-06142007000700013-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Dos recién nacidos, varón y hembra de una misma madre y fallecidos a los 10 y 45 minutos de vida respectivamente a los que se les realizó examen necrópsico. El primero de los cadáveres, correspondiente a la hembra, fue remit...	[]	[]	[]	[]
32	S0004-06142007000700015-1	[ { "id": "S0004-06142007000700015-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Mujer de 28 años sin antecedentes de interés que consultó por síndrome miccional con polaquiuria de predominio diurno y cierto grado de urgencia sin escapes urinario. El urocultivo resultó negativo por lo que se indicó trata...	[]	[]	[]	[]
33	S0004-06142007000900011-1	[ { "id": "S0004-06142007000900011-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 68 años, con antecedentes de hemorragia digestiva alta por aspirina y accidente isquémico transitorio a tratamiento crónico con trifusal (300 mg cada 12 horas), que acudió al Servicio de Urgencias del Hospital San A...	[ { "id": "S0004-06142007000900011-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "calcio" ], "offsets": [ [ 1153, 1159 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142007000900011-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "enzima convertidora de...	[]	[]	[]
34	S0004-06142007000900017-1	[ { "id": "S0004-06142007000900017-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 64 años que consultó en mayo de 2006 por disestesia facial y ptosis palpebral izquierda y proptosis del globo ocular del mismo lado.\nAntecedentes personales de hipertensión arterial en tratamiento médico, interveni...	[ { "id": "S0004-06142007000900017-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "prednisona" ], "offsets": [ [ 3360, 3370 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142007000900017-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "prednisona" ...	[]	[]	[]
35	S0004-06142008000100008-1	[ { "id": "S0004-06142008000100008-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Presentamos el caso de una mujer de 30 años, fumadora de 20 cigarrillos/día y sin otros antecedentes personales de interés. La paciente refiere infecciones urinarias de repetición. Se indica realización de ecografía abdomina...	[ { "id": "S0004-06142008000100008-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "p80" ], "offsets": [ [ 1630, 1633 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142008000100008-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "ALK" ], "offsets": [ ...	[]	[]	[]
36	S0004-06142008000300012-1	[ { "id": "S0004-06142008000300012-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Mujer de 41 años sin antecedentes de interés que presenta dolor abdominal difuso con mayor intensidad en epigastrio de 1 semana de evolución junto con náuseas, vómitos biliosos y mal estado general. El dolor aumenta con la t...	[ { "id": "S0004-06142008000300012-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "cefalina" ], "offsets": [ [ 1050, 1058 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142008000300012-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "hemoglobina" ], ...	[]	[]	[]
37	S0004-06142008000400010-1	[ { "id": "S0004-06142008000400010-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente varón de 54 años de edad sin antecedentes personales de interés.\nAcude al Servicio de Urgencias de nuestro hospital en septiembre de 2005 por cefalea frontoparietal derecha y diplopia de mirada lateral de 2 semanas...	[ { "id": "S0004-06142008000400010-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "Antígeno Prostático Específico" ], "offsets": [ [ 1647, 1677 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142008000400010-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "PS...	[]	[]	[]
38	S0004-06142008000400016-1	[ { "id": "S0004-06142008000400016-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Presentamos el caso de un varón de 70 años con antecedentes de gastrectomía por adenocarcinoma gástrico hace 12 años y carcinoma de próstata Gleason VII, (2 cilindros de 6 afectados por el tumor), tratado quirúrgicamente med...	[ { "id": "S0004-06142008000400016-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "S-100" ], "offsets": [ [ 1961, 1966 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142008000400016-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "HMB 45" ], "offsets...	[]	[]	[]
39	S0004-06142008000500015-1	[ { "id": "S0004-06142008000500015-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Corresponde a un varón de 24 años, de raza blanca, aquejado de una masa no dolorosa en testículo derecho, que se notó el paciente por autopalpación. Los niveles séricos de beta-HCG y de alfa-FP fueron normales. Se realizó un...	[ { "id": "S0004-06142008000500015-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "alfa-FP" ], "offsets": [ [ 186, 193 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142008000500015-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "beta-HCG" ], "offse...	[]	[]	[]
40	S0004-06142008000600011-1	[ { "id": "S0004-06142008000600011-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente de 56 años remitido a nuestro servicio por hallazgo incidental de masa renal de 5 cm de diámetro máximo, mesorrenal izquierda en la ecografía durante el estudio de cuadro de crisis renoureteral del mismo lado. Como ...	[ { "id": "S0004-06142008000600011-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "dicumarínicos" ], "offsets": [ [ 2525, 2538 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142008000600011-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "Goretex" ...	[]	[]	[]
41	S0004-06142008000600014-1	[ { "id": "S0004-06142008000600014-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 37 años, sin antecedentes personales ni urológicos de interés, que llegó a nuestra consulta remitido de urgencias por dolor e inflamación del testículo izquierdo.\nRefería un cuadro de inflamación testicular izquier...	[ { "id": "S0004-06142008000600014-1_T1", "type": "UNCLEAR", "text": [ "BEP" ], "offsets": [ [ 2098, 2101 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142008000600014-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "LDH" ], "offsets": [ ...	[]	[]	[]
42	S0004-06142008000700003-1	[ { "id": "S0004-06142008000700003-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente mujer de 74 años remitida desde Consulta Externa de Ginecología a Urología por Infecciones Urinarias (ITUs) de repetición con dolor hipogástrico de al menos seis meses de evolución.\nDentro de sus antecedentes perso...	[]	[]	[]	[]
43	S0004-06142008000700011-1	[ { "id": "S0004-06142008000700011-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Se trata de un varón de 42 años sin antecedentes médicos de interés, y con una cirugía de vasectomía como único antecedente urológico. Acudió a nuestra consulta por hallazgo casual de un nódulo en testículo derecho.\nAnte di...	[ { "id": "S0004-06142008000700011-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "beta-HCG" ], "offsets": [ [ 434, 442 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142008000700011-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "alfa-feto proteína" ],...	[]	[]	[]
44	S0004-06142008000700014-1	[ { "id": "S0004-06142008000700014-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente varón de 77 años con múltipes factores cardiopatogénicos, y como único antecedente urológico una hipertrofia benigna de próstata. Es ingresado en el servicio de Medicina Interna para estudio de un cuadro constitucio...	[ { "id": "S0004-06142008000700014-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "HMB45" ], "offsets": [ [ 2565, 2570 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142008000700014-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "S-100" ], "offsets"...	[]	[]	[]
45	S0004-06142008000700015-2	[ { "id": "S0004-06142008000700015-2__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 33 años fumador de un paquete de cigarrillos al día sin otros antecedentes de interés que acude a Urgencias por presentar desde hacía diez días induración peneana a nivel de la base. A la exploración se evidenció co...	[ { "id": "S0004-06142008000700015-2_T2", "type": "UNCLEAR", "text": [ "cigarrillos" ], "offsets": [ [ 42, 53 ] ], "normalized": [] } ]	[]	[]	[]
46	S0004-06142009000100010-2	[ { "id": "S0004-06142009000100010-2__text", "type": "abstract", "text": [ "Mujer de 43 años de edad, ama de casa, alérgica al contraste yodado y fumadora de 1 paquete diario de cigarrillos, histerectomizada y ooferectomizada derecha por endometriosis.\nLa paciente se encuentra en estudio por el Ser...	[ { "id": "S0004-06142009000100010-2_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "MAG-3-Tc-99m" ], "offsets": [ [ 874, 886 ] ], "normalized": [] } ]	[]	[]	[]
47	S0004-06142009000100014-1	[ { "id": "S0004-06142009000100014-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 60 años de edad, sin antecedentes patológicos de interés, que se nos remitió desde el Servicio de Urología de nuestro Centro con el diagnóstico de adenocarcinoma de próstata en estadio IV por afectación ósea metastá...	[ { "id": "S0004-06142009000100014-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "St" ], "offsets": [ [ 1806, 1808 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142009000100014-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "Estroncio" ], ...	[]	[]	[]
48	S0004-06142009000200008-1	[ { "id": "S0004-06142009000200008-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 32 años que acudió por lumbalgia de largo tiempo de evolución que se agudizó en los últimos días, así como pérdida de treinta libras de peso corporal en un período de tres meses aproximadamente. No se detectaron sín...	[]	[]	[]	[]
49	S0004-06142009000200013-1	[ { "id": "S0004-06142009000200013-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Mujer de 30 años, fumadora de unos seis cigarrillos diarios, con antecedente de aborto dos años y medio antes de ser estudiada en el Servicio de Ginecología por infertilidad. En dicho contexto, y en el transcurso de la reali...	[]	[]	[]	[]
50	S0004-06142009000300014-4	[ { "id": "S0004-06142009000300014-4__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 59 años que en el año 2004, tras estudio por síndrome constitucional, se diagnosticó de tumoración retroperitoneal. Tras realizar exéresis de dicha masa, de 16 x 13cm de diámetro, localizada a nivel de FID, desplaza...	[ { "id": "S0004-06142009000300014-4_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "Ifosfamida" ], "offsets": [ [ 1741, 1751 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142009000300014-4_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "Epirrubicina" ...	[]	[]	[]
51	S0004-06142009000500009-1	[ { "id": "S0004-06142009000500009-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Describimos el caso de una mujer de 91 años, diabética tipo 2 a tratamiento con hipoglucemiantes orales, hipertensa, y con vida previa dependiente para las actividades físicas de la vida diaria tras un ictus isquémico. La fa...	[ { "id": "S0004-06142009000500009-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "cefuroxima-axetilo" ], "offsets": [ [ 1960, 1978 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142009000500009-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "amoxic...	[]	[]	[]
52	S0004-06142009000500013-1	[ { "id": "S0004-06142009000500013-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente de sexo femenino, de 62 años, diabética mal controlada, obesa, con antecedentes de litiasis coraliforme izquierda no resuelta. Consulta por fiebre y lumbalgia izquierda de 7 días de evolución, con micosis oral y fra...	[ { "id": "S0004-06142009000500013-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "creatinina" ], "offsets": [ [ 364, 374 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142009000500013-1_T3", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "urea" ], ...	[]	[]	[]
53	S0004-06142009000800011-1	[ { "id": "S0004-06142009000800011-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Una mujer de 56 años fue evaluada inicialmente por desordenes intestinales. El examen físico y la rutina de laboratorio inicial fueron normales. Una ecografía abdominal evidencio una masa sólida de 12 cm por detrás del riñón...	[ { "id": "S0004-06142009000800011-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "argón" ], "offsets": [ [ 1528, 1533 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142009000800011-1_T3", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "cefalotina" ], ...	[]	[]	[]
54	S0004-06142009000900012-1	[ { "id": "S0004-06142009000900012-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Se presenta el caso de un varón de 65 años que consulta en agosto de 2005 al servicio de urgencias, por presentar dolor tipo urente en hipocondrio y región inguinal derecha de 72 horas de evolución, fiebre, malestar general ...	[ { "id": "S0004-06142009000900012-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "lactato deshidrogenada" ], "offsets": [ [ 1485, 1507 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0004-06142009000900012-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "LDH" ]...	[]	[]	[]
55	S0210-48062003000900009-1	[ { "id": "S0210-48062003000900009-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Mujer de 75 años de edad, con antecedentes de enfermedad pulmonar obstructiva, hipertensión arterial e hipercolesterolemia.\nConsulta a nuestro servicio por el hallazgo ecográfico casual de una lesión renal.\nEcografía: lesi...	[ { "id": "S0210-48062003000900009-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "Tc-99m" ], "offsets": [ [ 740, 746 ] ], "normalized": [] } ]	[]	[]	[]
56	S0210-48062004000200011-1	[ { "id": "S0210-48062004000200011-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 71 años de edad que presenta dolor testicular derecho, no irradiado, de tres meses de evolución, con aumento del diámetro y de la consistencia testicular en el último mes. Presenta síndrome constitucional, con pérdi...	[ { "id": "S0210-48062004000200011-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "hemoglobina" ], "offsets": [ [ 960, 971 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0210-48062004000200011-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "hemoglobina" ], ...	[]	[]	[]
57	S0210-48062004000300006-1	[ { "id": "S0210-48062004000300006-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón de 69 años que acude a nosotros para revisión de síndrome prostático en tratamiento con un alfa-bloqueante. Como antecedentes destaca haber sido intervenido de cadera derecha, hipoacusia y angor repetido. Episodio de t...	[ { "id": "S0210-48062004000300006-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "S100" ], "offsets": [ [ 2413, 2417 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0210-48062004000300006-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "metanefrinas" ], ...	[]	[]	[]
58	S0210-48062004000500008-1	[ { "id": "S0210-48062004000500008-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente de 29 años de edad que acude al Servicio de Urgencias de nuestro Hospital ante la presencia de una erección levemente dolorosa de diez horas de evolución. El paciente refiere haber presentado cuatro episodios simila...	[ { "id": "S0210-48062004000500008-1_T1", "type": "NO_NORMALIZABLES", "text": [ "alfaadrenérgico" ], "offsets": [ [ 1267, 1282 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0210-48062004000500008-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "suero ...	[]	[]	[]
59	S0210-48062004000500010-1	[ { "id": "S0210-48062004000500010-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Varón que nace en la 40 semana de gestación con parto vía vaginal y presentación cefálica. El peso al nacer es de 3.700 gr y la talla 47 cm. Se solicita valoración urológica ante la existencia de gran aumento de tamaño escro...	[]	[]	[]	[]
60	S0210-48062004000500011-1	[ { "id": "S0210-48062004000500011-1__text", "type": "abstract", "text": [ "En julio de 2000 y procedente del Servicio de Nefrología donde estaba siendo estudiado por una insuficiencia renal crónica secundaria a nefroangioesclerosis, nos es remitido un varón de 77 años por el hallazgo ecográfico de ...	[ { "id": "S0210-48062004000500011-1_T1", "type": "PROTEINAS", "text": [ "IgM" ], "offsets": [ [ 2010, 2013 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0210-48062004000500011-1_T2", "type": "PROTEINAS", "text": [ "IgM" ], "offsets": [ ...	[]	[]	[]
61	S0210-48062004000800009-1	[ { "id": "S0210-48062004000800009-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente varón de 61 años remitido a nuestra consulta por hallazgo ecográfico casual de masa renal tras estudio de epigastralgia.\nEntre los antecedentes personales destacan colelitiasis e hidrocelectomía derecha. En la anam...	[ { "id": "S0210-48062004000800009-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "gadolinio" ], "offsets": [ [ 1095, 1104 ] ], "normalized": [] } ]	[]	[]	[]
62	S0210-48062004000900010-1	[ { "id": "S0210-48062004000900010-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Presentamos el caso de un paciente varón de 66 años con antecedentes de hiperglucemia en tratamiento dietético, dudosa tuberculosis (TBC) epididimaria, decorticación de cuerdas vocales y fumador de 40 cigarrillos/día, que ac...	[ { "id": "S0210-48062004000900010-1_T1", "type": "UNCLEAR", "text": [ "cigarrillos" ], "offsets": [ [ 201, 212 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0210-48062004000900010-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "Isoniacida" ], ...	[]	[]	[]
63	S0210-48062005000300014-1	[ { "id": "S0210-48062005000300014-1__text", "type": "abstract", "text": [ "Paciente mujer de 84 años de edad con antecedentes de HTA, Hipertiroidismo, Diabetes Mellitus tipo II y síndrome de ansiedad. Remitida a la C. Externa de Urología desde el Servicio de Urgencias por un cuadro de hematuria fra...	[ { "id": "S0210-48062005000300014-1_T1", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "calcio" ], "offsets": [ [ 2430, 2436 ] ], "normalized": [] }, { "id": "S0210-48062005000300014-1_T2", "type": "NORMALIZABLES", "text": [ "alcohol de polivin...	[]	[]	[]

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Dataset Card for PharmaCoNER

Subtrack 1

PharmaCoNER: Pharmacological Substances, Compounds and Proteins Named Entity Recognition track

This dataset is designed for the PharmaCoNER task, sponsored by Plan de Impulso de las Tecnologías del Lenguaje.

It is a manually classified collection of clinical case studies derived from the Spanish Clinical Case Corpus (SPACCC), an open access electronic library that gathers Spanish medical publications from SciELO (Scientific Electronic Library Online).

The annotation of the entire set of entity mentions was carried out by medicinal chemistry experts and it includes the following 4 entity types: NORMALIZABLES, NO_NORMALIZABLES, PROTEINAS and UNCLEAR.

The PharmaCoNER corpus contains a total of 396,988 words and 1,000 clinical cases that have been randomly sampled into 3 subsets. The training set contains 500 clinical cases, while the development and test sets contain 250 clinical cases each.

For further information, please visit https://temu.bsc.es/pharmaconer/ or send an email to encargo-pln-life@bsc.es

SUBTRACK 1: NER offset and entity type classification

The first subtrack consists in the classical entity-based or instanced-based evaluation that requires that system outputs match exactly the beginning and end locations of each entity tag, as well as match the entity annotation type of the gold standard annotations.

Subtrack 2

PharmaCoNER: Pharmacological Substances, Compounds and Proteins Named Entity Recognition track

This dataset is designed for the PharmaCoNER task, sponsored by Plan de Impulso de las Tecnologías del Lenguaje.

For further information, please visit https://temu.bsc.es/pharmaconer/ or send an email to encargo-pln-life@bsc.es

SUBTRACK 2: CONCEPT INDEXING

In the second subtask, a list of unique SNOMED concept identifiers have to be generated for each document. The predictions are compared to the manually annotated concept ids corresponding to chemical compounds and pharmacological substances.

Full Task

PharmaCoNER: Pharmacological Substances, Compounds and Proteins Named Entity Recognition track

This dataset is designed for the PharmaCoNER task, sponsored by Plan de Impulso de las Tecnologías del Lenguaje.

For further information, please visit https://temu.bsc.es/pharmaconer/ or send an email to encargo-pln-life@bsc.es

SUBTRACK 1: NER offset and entity type classification

SUBTRACK 2: CONCEPT INDEXING

Citation Information

@inproceedings{gonzalez2019pharmaconer,
    title = "PharmaCoNER: Pharmacological Substances, Compounds and proteins Named Entity Recognition track",
    author = "Gonzalez-Agirre, Aitor  and
      Marimon, Montserrat  and
      Intxaurrondo, Ander  and
      Rabal, Obdulia  and
      Villegas, Marta  and
      Krallinger, Martin",
    booktitle = "Proceedings of The 5th Workshop on BioNLP Open Shared Tasks",
    month = nov,
    year = "2019",
    address = "Hong Kong, China",
    publisher = "Association for Computational Linguistics",
    url = "https://aclanthology.org/D19-5701",
    doi = "10.18653/v1/D19-5701",
    pages = "1--10",
}

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